转自：https://baike.baidu.com/item/RPKM/1197657

均反应基因的表达水平

1.RPKM的计算公式

分母是总共比对到这个基因的reads的数目（条 为单位），分母是：比对上的reads的总数（百万条为单位）；外显子的长度也就是基因的长度（KB为单位）。

2.举个计算的例子

 

3.为什么需要这样计算呢？

Reads Per Kilobase of exon model per Million mapped reads

具体含义是：每百万reads中来自于某基因每千碱基长度的reads数。

若是单纯以map到的read数来计算基因的表达量，在统计上是不合理的。

因为在随机抽样的情况下，序列较长的基因被抽到的机率本来就会比序列短的基因较高，如此一来，序列长的基因永远会被认为表达量较高，而错估基因真正的表现量。

4.FPKM计算公式

含义： FPKM代表每千个碱基的转录每百万映射读取的碎片。

两者就是分子不同，RPKM分子是reads，FPKM分子是fragment。

5. reads与fragment的区别

转自：https://www.cnblogs.com/jinhh/p/8964790.html

Reads即是指下机后fastq数据中的每一条Reads，Fragments则是指每一段用于测序的核酸片段，在SE中，一个Fragments只测一条Reads，所以，Reads数与Fragments数目相等；在PE中，一个Fragments测两端，会得到2条Reads，但由于后期质量或比对的过滤，有可能一个Fragments的2条Reads最后只有一条进入最后的表达量分析。总之，对某一对Reads而言，这2条Reads只能算一个Fragments.

 转自：http://www.oebiotech.com/Article/jdcxzdcymc.html

 Fragments：就是打成的片段，而测序测的就是这些fragments， 测出来的结果就是reads，又可以分为单端和双端测序，单端测序的话，只是从fragments的一端测序，测多长read就多长，双端测序就是从一个fragments的两端测，就会得出两个reads。

8.FPKM：将RPKM中的read换成freagment来理解。如果是single-end测序，二者FPKM和RPKM是一致的。如果是pair-end测序，每个fragments会有两个reads，FPKM只计算两个reads能比对到同一个转录本的fragments数量，而RPKM计算的是可以比对到转录本的reads数量。